За адміністративним поділом церква розділена на три єпархії:
Центральна та північна частина України. Голова єпархії - пастир Вадим Зінченко
Західна частина України. Голова єпархії - пастир Тарас Коковський.
Південна частина України. Голова єпархії пастир Олег Стецюк